Matara, yang gagal masuk ke sekolah impian, bersama orangtuanya pindah ke Pulau Gapi di wilayah timur laut kepulauan Indonesia. Kepindahan ini tak hanya membawa Matara ke tempat-tempat baru, tapi juga membawanya menyusuri waktu, menjelajahi masa lalu. Mulai dari masa ketika kapal-kapal besar pertama kali mendarat dan menjadikan pulau itu sebagai salah satu pusat dunia, masa ketika ilmuwan besar Wallace menulis surat pada Darwin dari salah satu sudut pulau itu, masa ketika bendera merah-putih telah dikibarkan di seluruh pulau tapi justru membuat pulau itu sepi dan terlupakan. Hingga masa terbaru, ketika Matara dan dua sahabatnya harus menyelamatkan pusaka-pusaka Pulau Gapi.

Mata dan Rahasia Pulau Gapi merupakan buku kedua dari kisah Mata menjelajahi Nusantara, setelah buku pertamanya, Mata di Tanah Melus. Buku selanjutnya: Mata dan Manusia Laut.